パスワード付きPDF作成のツールでQPDFというツールを見つけました。

詳細はQPDFで検索すれば探せると思います。

基本的に、コマンドラインツールみたいですが、ExcelVBAからコマンド発行することでExcelからも使えます。
https://hoimins.com/program/vba/pdfpassword/ 参照しました。